Il monastero sorge sul cosiddetto Monte Calvario dove, la tradizione colloca l'antica cattedrale di Perugia ed un'area cimiteriale etrusco-romana. Grazie all'operosità di un giovane nobile perugino, Pietro Vincioli, nacque una basilica grandiosa e l'annesso monastero che i Benedettini scelsero come loro sede. Un viale alberato conduce alla basilica alla quale si accede attraverso un portale affacciato su un ampio chiostro composto da 16 colonne in travertino. La facciata della basilica (ora nascosta dal chiostro), si può ammirare in un affresco di Benedetto Bonfigli ora conservato nella Galleria Nazionale dell'Umbria. L'Abbazia ora è anche sede della Facoltà di Agraria e dell'osservatorio sismico "Andrea Bina".